A Budapesti Értéktőzsde történetének első hivatalos mérföldköve az 1989 októberében hozott kormánydöntés, amely zöld jelzést adott az értékpapírtörvény elkészítésének. A törvényjavaslat 1990 januárjában került a parlament elé és március 1-jével lépett érvénybe. A hatálybalépéssel egyidejűleg tűzték ki június 21-ére a Budapesti Értéktőzsde alakuló közgyűlését, amely eredményeként még aznap, 1990. június 21-én újra megnyitotta kapuit a Tőzsde. A 41 alapító taggal és egyetlen bevezetett részvénnyel, az IBUSZ-szal sui generis (önálló jogi személy) szervezetként létrejött Budapesti Értéktőzsde életében meghatározó szerepet játszott az alapítással egy időben kezdődött magyarországi privatizáció. Bár a nagyobb állami cégek értékesítése gyakran stratégiai befektetők bevonása révén történt, különösen a kilencvenes évek elején számos vezető magyar társaság (így például az IBUSZ, a Skála-Coop, a MOL, az OTP, a Matáv (ma Magyar Telekom), a Domus, a Globus, és a Richter Gedeon) magánosításában játszott a tőzsde jelentős szerepet.
Az évek során a BÉT működési feltételei, szervezete, funkciója is sokat változott. Az első kereskedési terem a Váci utcai Trade Centerben volt, ezt követően 1992-ben került át a Tőzsde az V. kerületi, Deák Ferenc utca 5. szám alatti patinás épületbe, ahol tizenöt évig zajlott a kereskedés. 2007 márciusában a BÉT 1990-es újraalapítása óta harmadik székhelyére költözött, az Andrássy úti, egykori Herczog-palotába. 2015 februárjától 2022 februárjáig a Budapesti Értéktőzsde a főváros pénzügyi központjában, a történelmi Tőzsdepalota szomszédságában elhelyezkedő Bank Centerben működtette a parkettet. A Budapesti Értéktőzsde jelenleg a Magyar Nemzeti Bank Budai Központjában, a Krisztina körúton üzemel.
Az azonnali piacot tekintve a tőzsdetermi, nyílt kikiáltásos kereskedés - részleges elektronikus támogatással 1995-ig működött a BÉT-en. Ekkortól már az értékpapírok kereskedése mind a kereskedési teremben, mind távkereskedési rendszerben folyt egészen 1998 novemberéig, amikor az új, immáron teljes mértékben távkereskedési rendszer, a MultiMarket Trading System-et (MMTS) bevezették. A kereskedési "csatazaj" kevesebb mint egy évvel később, 1999 szeptemberében ült el végleg a teremben, ugyanis ekkor indult el a határidős piac elektronikus távkereskedési platformja.
A BÉT származékos piaca 1995 óta áll a befektetők rendelkezésére, ahol határidős és opciós kontraktusok kereskedésére van lehetőség. BUX kontraktussal a határidős piac indulásától, 1995. március 31. óta lehet kereskedni. A BÉT 1998 júliusában – a világon elsők között – vezette be az egyedi részvényeken alapuló kontraktusait, az opciós piac, a szabványosított termékek újabb köre jelent meg 2000 februárjában és 2004. szeptember 6-án megindult a második index alapú termék, a BUMIX kontraktus kereskedése is.
A versenyképesség megőrzése és erősítése érdekében 2002 áprilisában az új tőzsdetanács a tizenkét év önálló jogi személyi lét után a gazdasági társasági forma mellett döntött. Két és fél hónappal később, 2002. július elsejével megalakult a Budapesti Értéktőzsde Részvénytársaság (2006 áprilisától: Zártkörűen Működő Részvénytársaság). A tőzsdetanács, a tőzsdetitkárság helyébe az igazgatóság, ügyvezetőség lépett.
A Tőzsde életében a 2004-es év meghatározó eseményeket hozott. Jelentős átrendeződés zajlott a BÉT tulajdonosi szerkezetében, aminek nyomán tőkeerős osztrák bankok, valamint a Wiener Börse és az Österreichische Kontrollbank AG vásárolta meg a Tőzsde többségi részesedését.
A Budapesti Értéktőzsde és a Budapesti Árutőzsde tevékenységének integrációja révén, 2005. november 2-óta árupiaci kereskedelem is folyik a BÉT-en. A Budapesti Árutőzsde 1989-ben indult útjára, amikor is egy minimális alaptőkével rendelkező gazdasági társaság (az Árutőzsde Kft.) a határidős ipar intézményes hátterének megteremtésére vállalkozott Magyarországon. 1994-ben a Parlament elfogadta az árutőzsdéről és az árutőzsdei ügyletekről szóló törvényt. 1995. végére a BÁT a világ legjelentősebb 35 tőzsdéje közé került. Jelentős változásokat hozott a 2002-ben elfogadott egységes tőkepiaci törvény, amely előírásainak megfelelően a Budapesti Árutőzsde 2003. május 20-án részvénytársasággá alakult. A tulajdonosi kör jelentős átalakulását követően, több hónapos előkészítő munka után 2005. november 2-én a BÁT piacait sikeresen integrálta a Budapesti Értéktőzsde Zrt., majd 2006-ban – 17 évvel a megalakulását követően - a BÁT végelszámolással megszűnt.
A Budapesti Értéktőzsde 2010. január 14-től tagja a CEE Stock Eexchange Group AG Holdingnak.
A BÉT 2011. novemberében elindította alternatív kereskedési platformját BÉTa Piac néven, amelyen az induláskor tíz európai nagyvállalat papírjaival lehet kereskedni.
2013. december 6-án elindult a Tőzsde új kereskedési rendszere, a XETRA®, amely leváltotta a tizenöt éve használatban lévő régi rendszert. Az új kereskedési platform bevezetésével a magyar tőzsdén jegyzett cégek Európa 18 országának kereskedőivel, befektetőivel kapcsolódnak össze közvetlenül, míg a hazai befektetési szolgáltatók és befektetők több ezer új befektetési eszközhöz kapnak közvetlen elérést, megnyitva ezzel a teret a további piacbővülés lehetősége előtt.
2015 februárjától a Budapesti Értéktőzsde a főváros pénzügyi központjában, a történelmi Tőzsdepalota szomszédságában elhelyezkedő irodaházban működteti a parkettet.
A Magyar Nemzeti Bank 2015. november 20-án adásvételi szerződést kötött a Budapesti Értéktőzsdében (BÉT) eddig 68,8 százalékos tulajdonnal bíró osztrák CEESEG AG-val és Österreichische Kontrollbank AG-val. A tranzakcióval az MNB minősített többségi tulajdonosává vált a hazai értéktőzsdének.
A nemzeti tulajdonba került tőzsde - az új tulajdonos elvárásának megfelelően - a tőkepiac-fejlesztési célok mentén egy a 2016-2020-as időszakra vonatkozó, öt évre szóló stratégiában fogalmazta meg, hogy mely prioritások azok, melyek az elkövetkezendő években meg kell, hogy határozzák a tőzsdefejlesztés irányát.
A Budapesti Értéktőzsde a következő ötéves periódusban folytatni kívánja a már korábban megkezdett hazai tőkepiac-fejlesztési törekvéseit, amelyet a BÉT 2021-ben közzétett, 2021-2025-ös időszakra vonatkozó stratégiájában ismertetett. A Budapesti Értéktőzsde határozott célja továbbra is az, hogy a tőkepiacok Magyarországon betöltött szerepét növelje, valamint a fenntarthatósági szempontok figyelembe vételével támogassa a vállalatok növekedését és versenyképességét, biztosítva ezzel a magyar háztartások gyarapodását.
A Budapesti Értéktőzsde 2023. június 21-én, a tőzsdefejlesztési célok következő lépcsőfokaként, újraalapításának 33. évfordulóján belépett a BÉT Standard kategóriájába. A tőzsdei megjelenés legfőbb célja a nyilvános működés előnyeinek népszerűsítése a hazai középvállalatok körében, a tulajdonosi célok és a Tőzsde nemzetközi törekvéseinek támogatása mellett.